ارزشیابی از آموخته‌های دانش‌آموزان بخش دیگری از فعالیت‌های مدرسه مجازی مبتکران به حساب می‌آید. می‌دانیم که فرآیند آموزش با ارزشیابی تکمیل می‌شود. آموزش بدون ارزشیابی بی‌معنی و یک فرآیند ناقص است.

بخش آموزش مدرسه‌ی مجازی روزهای شنبه تا چهارشنبه است و روزهای پنجشنبه ارزیابی عملکرد از هفته‌ای که گذرانده‌ شده است انجام می شود. 

در آزمون‌های هفتگی یا کوئیز هر درس شامل 3 تا 5 پرسش چهارگزینه‌ای می‌باشد، در زمانی که مشخص خواهد شد دانش‌آموز باید به این پرسش‌ها پاسخ دهد و با این آزمون هم مدرس و هم اولیا پی می‌برند که دانش‌آموز در طول هفته چه عملکردی داشته است و اهداف آموزشی هفته را فراگرفته است یا نه . 

در صوتی که به اهداف موردنظر نرسیده باشد مشاوران آموزشی و دبیر راهنما راهکارهای لازم را ارائه خواهند کرد.

آزمون‌های دوره‌ای، ابزار پایش آموزش و ابزار بازخوردگیری از فرایند یاددهی و یادگیری است. با این ابزار می توان میزان تحقّق اهداف آموزشی را در لایه‌های مختلف آموزشی مدرسه رصد نمود و نقاط قوت و ضعف را به منظور جبران به دانش‌آموز گوشزد کرد.

فرایند تصمیم‌سازی و نیز شناخت آسیب‌ها و سنجش عملکرد آموزشی تمام اجزای مدرسه وابستگی کاملی به جمع‌آوری اطلاعات درست و جامع از طریق آزمون‌های مختلف دارد و آزمون‌های استانداردی که بتواند اطلاعات درست در اختیار قرار دهد، مهم‌ترین نیاز مدرسه است.

تقریبا در پایان هر ماه دانش‌آموزان مدرسه‌ی مجازی مبتکران در آزمون‌های مبتکران شرکت کرده و آموخته‌های آن ماه‌شان مورد ارزشیابی قرار می‌گیرد. در پایان ترم اول و دوم هم دانش‌آموزان در آزمون‌های جمع‌بندی مورد ارزیابی قرار می‌گیرند. بودجه‌بندی این آزمون‌ها را ببینید: